Tutorial

Tutorial
Por Ortiz Espinoza y De la Paz Del Solar

jueves, 24 de noviembre de 2011

OPCIÓN OVERLAP PARA HISTOGRAMAS

Hacer histogramas superpuestos  (overlap consiste en comparar resultados, son especialmente importantes para cualquier muestra que solo tiene un color de la fluorescencia, pero tambien puede ser util para dos muestras de muestra de color (un color por vez).



Para hacer histogramas superpuestos (overlap), primero necesitaremos entrar al Menú de File.... Preference (F7), nos aparecerá la siguiente pantalla: 




Debemos asegurarnos de que las opciones Kinetics Mode (simple entire file) y Overlay Time vs Y means estén habilitados, una vez asi, damos click en OK.


Una vez hecho este paso:
1.- Abrimos un histograma normal, en este ejemplo será de FL1,  en seguida abrimos la ventana de Format Histogram.

2.-Deshabilitamos la opción Solid Fill, la opción Smooth la cambiamos del 0 al 10 y seleccionamos el Grosor Medio de la Linea


El resultado es el siguiente:





3.- Entramos nuevamente a Format Histogram, y ahora seleccionamos la opción New File.
4.- Seleccionamos ya sea el mismo archivo que el primer Histograma, si lo que queremos es comparar 2 parametros de la misma muestra  o un nuevo archivo si queremos comparar el mismo parámetro de 2 muestras distintas.

5.- Aparece la siguiente pantalla, en la que seleccionamos el parámetro nuevo que se mostrara en el histograma.(En este ejemplo, compararemos el histograma Fl1 y FL2 de la misma muestra), ahora le damos click en Overlay.


El resultado es el siguiente




6.- Si queremos darle formato al histograma superpuesto, damos click derecho y seleccionamos Format, aparecerá siguiente ventana:


Podemos seguir agregando parámetros con la Opción New File,  o eliminarlos con el botón Delete igualmente cambiar el grosor y color de la línea de cada uno de los parámetros.
7.- Otra opción es este tipo de histogramas es  la de Legend, con esta aparecerán las acotaciones de cada uno de los parámetros en nuestro histograma, para crearlos, basta con dar click derecho y seleccionar la opción Legend:

Formato de Histogramas

Para darle formato a nuestro histograma, damos un click derecho y seleccionamos la opción “Format”


Nos aparece la siguiente pantalla:







Aquí podemos cambiar la escala de eje Y (amarillo), y cambiar  el color en el eje X (rojo), el grosor de la línea:
Otras opcionescomunes son: la escala del eje X, Solid Fill( relleno solido) Show Text y la Vista en 3D (3D View)


Histogramas

1.1.- Al iniciar WinMDI 2.9, seleccione la opción Histogram y damos click en OK.

1.2.- Tambien podemos  abrir un histograma al seleccionar el Menu Display y la opción Histogram  o  tecleando Ctrl +h 
2.- Nos aparecerá la siguiente ventana para buscar la carpeta que contiene el archivo que deseamos abrir:
Una vez que encontramos la carpeta, seleccionamos el archivo que deseamos abrir, éste deberá ser con la extensión .LMD, y damos click en OK.
3.- En seguida aparece la siguiente ventana, donde seleccionamos el parámetro que queremos medir en el Histograma, que pueden ser:  




 

      ·         FS: Forward Scatter .-El tamaño celular relativo

·         SS: Side Scatter.- La complejidad interna o granularidad relativa

·         Fl1, Fl2, … Intensidades relativas de emisión de fluorescencia

·         Todos los parámetros


4.- Damos click en READ.

5.- Aparece nuestro histograma

Abrir WinMDI

2.1 Dar click en el botón de Inicio

2.2 Buscar la carpeta WinMDI

2.3 Damos click en la opción WinMDI 2.9

O desde el escritorio

Al iniciar WinMDI 2.9,  aparecerá la siguiente pantalla. Damos un click
A continuación aparece esta ventana con las opciones de: Histograma, Dot Plot, Density Plot y Contour, veremos cada una por separado

Instalación de WinMDI 2.9

1.1.-  Para iniciar la instalación, inserte el disco WinMDI 2.9 o entre a la pagina: http://en.bio-soft.net/other/WinMDI.html desde donde podrá descargar el instalador. Seleccionar la opción Ejecutar, para instalarlo directamente o Guardar si desea instalarlo mas tarde.


Aparecera la siguiente ventana:



Dele click en Browse… para seleccionar la carpeta donde se guardará el instalador y luego de click en Unzip.
Alternativas (version 2.8):

http://www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software/Winmdi.htm

 1.2.- Abra la carpeta donde guardo el instalador o del desde el CD.

1.3.- Seleccionar la opción SETUP. 



1.4.- Se iniciará el instalador, seguir las indicaciones

1.5.- Para completar la instalación dar click  en “Finish”